settings: three tiers - wikitool.json (instance), .wikitool-local.json (checkout), secrets by reference incl. 1Password CLI; new command config set (#207)

Every settings field declares its tier; a value in the wrong file is an error naming
file, key and tier. A field naming a program or affecting a gate cannot be declared
instance. Secrets are references only: {"ref": "<name>"} via WIKITOOL_SECRET_<NAME> or
a user-only secrets file, {"ref": "op://..."} via op read (locked 1Password: exit 42).
The preflight records op as an optional tool. doctor gains one line per tier, docs
verify checks a committed wikitool.json for plaintext secrets, CI resolves a real
op:// value through 1password/load-secrets-action. No feature reads its settings
this way yet; without the two files every other command is unchanged.

Files changed:
- .gitea/workflows/ci.yml
- .gitignore
- AGENTS.md
- CHANGES.md
- INSTALL.md
- VERSION
- docs/explanation/README.md
- docs/explanation/configuration-tiers.md
- docs/how-to/README.md
- docs/how-to/use-1password-for-settings.md
- docs/reference/commands/README.md
- docs/reference/commands/configuration.md
- docs/reference/commands/instance-health.md
- docs/reference/commands/types-instructions-and-docs.md
- docs/reference/configuration.md
- docs/reference/exit-codes.md
- instructions/dev/doc-pull-through.md
- instructions/dev/testing-conventions.md
- instructions/preflight.md
- tools/CONTRACT.md
- tools/README.md
- tools/chemenu/cli.py
- tools/chemenu/cli_contract.py
- tools/chemenu/commands/_util.py
- tools/chemenu/commands/config_cmd.py
- tools/chemenu/commands/docs_verify.py
- tools/chemenu/commands/doctor.py
- tools/chemenu/config.py
- tools/chemenu/config_shapes.py
- tools/chemenu/prerequisites.py
- tools/chemenu/settings.py
- tools/chemenu/tests/conftest.py
- tools/chemenu/tests/test_dist_cmd.py
- tools/chemenu/tests/test_preflight.py
- tools/chemenu/tests/test_preflight_pwsh.py
- tools/chemenu/tests/test_settings.py
- tools/chemenu/toolpaths.py
- tools/preflight.ps1
- tools/preflight.sh
- tools/prerequisites.txt

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
Claude-Session: https://claude.ai/code/session_01SnAJ7Z3CpVD3PRbN73QtU2

CHANGES.md

@@ -14,16 +14,23 @@ place only: `instructions/dev/version-parts.md` § The candidate model.
 
 ---
 
-## 9.0.1-beta.2 - 2026-10-10 - raw_cmd.py in ein Paket zerlegt: ein Modul je Unterkommando, Ausgabe unverändert
+## 9.1.0-beta.1 - 2026-10-10 - Einstellungen in drei Stufen: wikitool.json (Instanz), .wikitool-local.json (Checkout), Secrets nur per Verweis - auch über die 1Password-CLI; neues Kommando config set
 
 **Author:** Torben Nehmer
 
 <!-- wikitool:bumps -->
+**Medium impact**
+- Einstellungen in drei Stufen: wikitool.json (Instanz), .wikitool-local.json (Checkout), Secrets nur per Verweis - auch über die 1Password-CLI; neues Kommando config set
+
 **Low impact**
 - Ketten von Paketen: stack-dev schreibt ## Kette, stack-close nennt das nächste Glied
 - raw_cmd.py in ein Paket zerlegt: ein Modul je Unterkommando, Ausgabe unverändert
 <!-- /wikitool:bumps -->
 
+### Einstellungen in drei Stufen, Secrets nur per Verweis (#207)
+
+Neue Einstellungen liegen in `wikitool.json` (eingecheckt, gleich in jedem Klon) oder `.wikitool-local.json` (gitignoriert, nur dieser Checkout); jedes Feld deklariert seine Stufe, ein Wert in der falschen Datei ist ein Fehler, keine Überschreibung. Ein Feld, das ein Programm benennt oder ein Gate betrifft, ist nie `instance`. Secrets stehen nur als Verweis in den Dateien: `{"ref": "<name>"}` über `WIKITOOL_SECRET_<NAME>` oder eine Secret-Datei im Nutzerverzeichnis, `{"ref": "op://..."}` über die 1Password-CLI, die der Preflight als optionales Werkzeug erfasst; gesperrtes 1Password ergibt exit 42. `config set` schreibt dorthin, wo die Stufe es verlangt, und verweigert Secret-Werte; `doctor` zeigt eine Zeile pro Stufe, `docs verify` prüft `wikitool.json` auf Klartext-Secrets. Noch liest kein Feature seine Einstellungen so.
+
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 ## 9.0.0 - 2026-10-09 - Docs sorted into four areas, generated references, raw derive for real documents